میکروسکوپ ها وظیفه بزرگ نمایی اهداف گوناگون جهت دیده شدن در چشم انسان رادارند.این ادوات در حوزه های متنوعی از علوم ، پزشکی وصنعت به کار گرفته میشوند.میکروسکوپها در شاخه های گوناگون شامل میکروسکوپهای الکترونی ،میکروسکوپ نوری، اسکنینگ و غیره دسته بندی میشوند

میکروسکوپ الکترونی ( Electron Microscopes )
یک میکروسکوپ الکترونی (EM) با تابش اشعه الکترونی به نمونه باعث روشن شدن آن میشودوسپس تصویر بزرگ نمایی شده ازآنرا ایجاد میکند.با توجه به طول موچ کوتاه تر الکترونها، میکروسکوپهای الکترونی میتوانند بزرگنمایی های بسیار بیشتری ( تا یک میلیون برابر) نسبت به میکروسکوپهای نوری ( حداکثر ۱۰۰۰ برابر) داشته باشند.
انواع میکروسکوپهای الکترونی شامل الکترونی انعکاسی ( REM ) ، الکترونی پویشی ( SEM ) ، الکترونی عبوری ( TEM ) ، الکترونی ولتاژ پایین ( LVEM ) و الکترونی عبوری پویشی ( STEM ) میباشند.
معمولا نمونه هایی که برای بزرگنمایی توسط میکروسکوپ الکترونی در نظر گرفته میشوند نیازبه آماده سازی اولیه برای حصول بهترین نتیجه دارند ، روشهایی مانند تثبیت شیمیایی ، Cryo Fixation ، تخلیه رطوبتی (dehydration)، قطعه بندی، رنگ امیزی از جمله روشهای متداول آماده سازی قبل از بزرگنمایی هستند.
میکروسکوپهای الکترونی در شاخه های متنوعی از علوم بیولوژی و زیستی شامل تشخیصی ، سرما زیست شناسی (cryofixation )، سم شناسی ، آنالیز ذرات (particle analysis ) ، تصویر برداری سه بعدی (3D) و ویروس شناسی به کار گرفته میشود.
میکروسکوپهای نوری ( Optical Microscopy )
یک میکروسکوپ نوری با استفاده از مجموعه ای از لنزهای داخلی بزرگنمایی میکند ( ساده ترین میکروسکپ فقط از یک لنز بزرگنمایی استفاده میکند ) بزرگترین مزیت میکروسکوپ نوری نسبت به الکترونی امکان ایجاد تصویر رنگی است .
مهمترین اجزاء یک میکروسکوپ نوری لنز چشمی ، چرخاننده لنز شیئی ( nosepiece objective turret ) ، لنزهای شیئی ، پیچ تنظیم دقیق و سریع ، صفحه میکروسکوپ ( stage) ، منبع نوری و کندانسور میباشند.
انواع گوناگون میکروسکوپ نوری شامل میکروسکوپ Upright ، میکروسکوپ Invert ، میکروسکوپ تحقیقاتی ( Research) ، میکروسکوپ پتروگرافی ( Petrographic microscope ) ، میکروسکوپ پلاریزان و فاز کنتراست ( Phase Contrast Microscope ) می باشد.
میکروسکوپ تشریح (Dissecting Microscopes )
به این نوع میکروسکوپ ، میکروسکوپ استریو هم اطلاق میشود که امکان مشاهده سه بعدی نمونه را نیز ایجاد میکند.
این میکروسکوپها از ۲ مسیر مجزا نوری ، ۲ لنز چشمی و ۲ لنز شیئی مجزا استفاده میکند تا بتوانند بزرگنمایی از دو جهت مختلف ایجاد نماید.
میکروسکوپ تشریح جهت بزرگنمایی اشیایی که برای دیده شدن در میکروسکوپهای معمولی خیلی ضخیمند کاربرددارد.
میکروسکوپهای تشریح اغلب برای بافتهای تشریح شده و حیوانات به کار میرود و کاربرد وسیعی نیزدر کاربردهای صنعتی دارد.
در پاره ای از موارد جهت حصول نتیجه بهتر از دوربین ، جهت تصویر برداری استفاده میشود و تصاویر ثبت شده توسط یک نرم افزار مخصوص تلفیق شده و نهایتا یک تصویر سه بعدی با کیفیت بسیار مناسب ایجاد میگردد.
میکروسکوپهای استریو میتوانند بزرگنمایی تا ۲۰۰ برابر ایجاد نموده و عموما گرانقیمت میباشند

سه تعریف مهم در کاربرد میکروسکوپ :
بزرگنمایی : به نسبت اندازه تصویر نمونه ، به اندازه واقعی آن گفته می شود. همه ی میکروسکوپ ها از عدسی ها برای بزرگنمایی تصویر بهره می برند.
قدرت تفکیک : توانایی تشخیص بین دو شیء نزدیک به هم به صورت دو شیء متمایز و جدا را قدرت تفکیک می گویند.قدرت تفکیک به کیفیت عدسی ها و طول موج نور تابیده شده بستگی دارد. با کاهش طول موج ، قدرت تفکیک افزایش می یابد.
کنتراست : به تفاوت بین بخش های مختلف یک نمونه می گویند. مثلا یه اندامک تیره تر از اندامک دیگر دیده شود.
الف) میکروسکوپ نوری(LM) : از نور مرئی برای نشان دادن ساختار های سلولی بهره می برد.نور مرئی از نمونه عبور کرده و نهایتا به عدسی شیشه ای می رسد. عدسی ها نور را به گونه ای می شکنند که تصویری بزرگ شده از نمونه به چشم می رسد. کنند این میکروسکوپ های مرکب نامیده می شوند زیرا شامل دو عدسی شیئی و چشمی است که برای تشکیل تصویر به هم کمک می کنند